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水生植物可在一定程度上去除污染水中的氮、磷、重金属和有机污染物，在污水处理中得到了广泛的应用。通过分析水生植物对水中氮、磷等营养物质和污染物的吸收和分解，可以选择不同的水生植物及其组合，以适应不同的污染水体。通过控制水生植物的数量，修复被污染水体，保持水质，也可以控制净化能力的大小。
科学管理和转化利用是治理的关键。如果生长适量的水葫芦有利于水质的净化，就必须在水葫芦生长到适当的时间时加以抢救，并通过发酵、转化等后续技术对其进行转化和利用，以防止因其腐烂而造成的二次污染。沉水植物的管理对湖泊生态系统有着重要的影响，但如果没有反馈机制，结果会更糟，因为大量沉水植物的生长也会产生负面影响。机械收获、精练、干燥等措施可用于生长过多的大型植物。
