我国第一个农民合作社诞生至今经过了60多年的发展历程。在前三十年中，由于急功冒进和人为因素，农民合作社的发展呈现出大起大落的变化，农民主动参与意愿不强，未能体现出合作社的优越性。改革开放以来，由于农村土地制度和经营体制发生了根本性变化，加之中国加入WTO后由农业开放和转型引起市场竞争格局的改变，农民合作经济组织的发展模式与制度结构也随之发生了深刻变迁。我国农民合作社经历了三个发展阶段：
1、农民自发起步阶段（1980年代中期至90年代中期）；
2、政府引导发展阶段（1990年代中后期至2006年）；
3、依法规范发展阶段（2006年《农民专业合作社法》颁布以后）。
近年来，在以《农民专业合作社法》为核心的制度体系，以中共中央、国务院“一号文件”为重点的政策支撑体系，以及以农业部门主管、相关部门协助、各种社会力量牵头兴办的工作体系的指导下，我国农民合作社得到了蓬勃的发展和取得显著成效，呈现出如下特点：
1、从组织发展看，合作社总数和成员总数高速提升，出资总额稳步发展，社均出资额和社均成员数趋于稳定；
2、从行业分类看，以种养业为主，种植业比重持续扩大，其中粮食类增幅显著；
3、从业务范围看，实行产加销一体化服务的合作社占半数以上，加工服务型合作社和生产服务型合作社增幅较大；
4、从功能发挥看，合作社为成员提供经营服务总值超过万亿元，其中东部地区经营服务能力最强；
5、从制度建构看，合作社更加注重规范化发展，政府扶持力度继续加大；
6、从组织形态看，农民合作社的形态日益多元化、多类型。
自《农业专业合作社法》实施以来，我国农民合作社迅猛发展，在推进农业发展（尤其是促进规模经营）、增加农民收入、建设社会主义新农村中发挥了重要作用。
十九大报告提出实施乡村振兴战略，随后的中央农村经济工作会议、2018年中央“一号文件”中都强调“乡村组织振兴”就是以合作经济组织推进强村富民的一条有效途径。
2017年《农业专业合作社法》修订案进一步强调：“规范农民专业合作社的组织和行为，鼓励、支持、引导农民专业合作社的发展，保护农民专业合作社及其成员的合法权益，推进农业农村现代化。”
土淘网头条小编认为，农民合作社已经成为构建新型农业经营体系的中坚力量和引领农民参与国内外市场竞争的基础，成为实现农业社会化服务、集体产权制度改革以及农村社会管理的有效载体，成为国家推进三农工作、实施乡村振兴战略的关键抓手之一，在乡村振兴中起着火车头的作用。
农业专业合作社在实现“农村美、农业强、农民富”的目标中发挥了重要作用。同时，也应该认识到农民合作社发展中存在的不足和面临的困境：
1、合作社成员及资产规模偏小；
2、服务层次偏低，市场竞争力不强；
3、内部运营机制不够成熟；
4、发展资金短缺，融资困难；
5、良好外部环境仍未形成；
6、专业人才匮乏。
当前，我国农业农村环境正发生巨大变化：其一，农业从业入口数量日趋减少，农村劳动力结构老龄化；其二，农业规模化程度迅速提升，农地集中速度迅猛；其三，工商资本加速进入农业，特别是价值较高的畜牧业、林业、水果业和蔬菜产业；其四，消费者追求产品差异化和多元化，由此要求农业产品更加专业化、品牌化和精细化；其五，电子商务在农业农村中迅速普及。总之，我国正迎来一场极其深刻的、前所未有的农业大转型。
在这样的背景下，农民合作社将呈现出一些值得关注的发展趋势：
1、在农村基本经营制度改革、完善和调整中，农民合作社将越来越显现出核心作用；
2、农民合作社将呈现单体规模逐渐扩大，数量增加势头持续减缓的态势；
3、农民合作社将逐渐由专业性经营向综合性经营发展；
4、农民合作社将越来越重视向产业链一体化纵向发展；
5、农民合作社将由社员需求导向转变为市场需求导向，组织管理趋于职业化与成员民主控制并重，企业化经营色彩日益浓厚；
6、农民合作社将进一步呈现合作社联合和联盟的普遍趋势；
7、农民合作社将积极与其它农村组织制度创新对接；
8、农民合作社将利用类似土淘网这样的农业电子商务平台、建立配送中心等，以合作社（包括联合社、联合会）为主要载体、广大农民参与的新型农村电子商务模式将得到普遍推广。
可以预见，我国的农民合作社将持续快速健康的发展。超越合作经典，反映中国特色，体现时代特征的中国农民合作社将成为世界农业经营制度创新的一大亮点。
