我国生态农业已经取得了辉煌的成绩，得到了国际社会广泛的承认与赞扬，但是其在全国的推广还远远不够，尚未成为我国农业与农村经济发展的基本模式。对其发展情况进行分析，发现现介段我国生态农业的发展存在如下几方面的问题。
理论和政策体系不完善，生态农业的绿色性与可持续性缺乏坚实的保障我国的生态农业虽然经过了近三十年的发展，旦自身的理论体系仍然不够完善，统一的定义尚未形成，发展目标以及在整个国家农业与农村发展中的战略定位仍然不明确。虽然《农业法》在2002年修订时，便已将发展生态农业的要求列入其中，旦是与生态农业相关的规定常见于各级政府的红头文件以及工作报告之中，至今尚未专门针对生态农业的发展制定可操作的、强制性的法规和部门规章。生态农业的运作、监督、管理和激励机制缺乏，标准体系不健全。这些均使得生态农业的绿色生缺乏坚实的保障，一些生态农业模式中还存在不司形式的污染，并未真正提供“绿色产品”。较低的标准化管理水平使生态农业的产业化发展缺乏引导和规范；激励机制的缺乏，阻碍了区域管理者以及农民对于发展生态农业积极性的提高，在一定程度上限制了生态农业的推广和普及。
以分散化经营为主，生态农业难以充分实现循环与高效
受农业市场化水平以及土地家庭联产承包责任制的制约，C四长期以来分散化经营的家庭生态农业仍然是我国生态农业主导的经营模式，生态农业的产业化水平较低。根据生态经济学理论，生态农业只有在一定规模的区域范围内，其生态系统才能发挥出稳定的功能和效益。Q）生态农业户受经营规模及自身知识素质的限制，通常只能在农业内部的种植业和养殖业之间建立农业生态系统，生产链短、规模小、产出低、抗市场风险能力较弱，Q）ED以该种经营模式为主导，农业与其他行业、产业部门之间的协作难以形成，无法实现物质、能量、信息的多级转化利用，生态农业的整体效益较低，循环性作为生态农业的本质特征在生态农业的发展过程中并未得到充分的发挥。随着农产品市场的日益开放以及农业生产平均成本的不断提高，分散型生态农业已经无法适应市场的需求，产业化成为生态农业发展的重要内容和发展趋势。
生态农业的生态和文化功能未得到充分的挖掘生态农业具有生产、生态和文化多种功能，然而，单纯的市场机制只能实现生态农业的经济效益，在现行的经济核算框架下，生态农业耕作方式下的农田生态系统的生态服务功能价值无法得到很好的体现，生态农业耕作方式的综合效益受到低估。这些导致了生态农业在现阶段的发展过程中往往以追求产品数量为主，农业的生态功能和文化功能未得到充分的重视。
生态农业的发展受现有认知、技术和管理水平的制约生态农业所倡导的可持续性，往往需要在一个长期的过程中得以体现，目前，我国的决策者在进行短期内迅速提高农业产出的目标以及从长远的角度实现农业的可持续发展目标之间权衡时，通常缺乏足够的前瞻性。与常规农业单一的种植结构相比，生态农业的复合农业系统是一种更为复杂的系统，根据某一特定区域的自然、社会状况选择发展适宜的模式，仍然是一项艰巨的任务，这对决策者、业务人员、技术人员以及农民的能力建设提出了更高的要求。然而在我国，农民平均受教育年限短，文化素质相对较低，外加农业技术转化推广服务体系仍不完善，无法向农户提供优质的品种、技术、信贷和信息服务，使得生态农业户的技术和管理水平提高缓慢，目前使用较多的仍是一些简单、传统的生态农业技术（如间作套种技术），对现代农业科学技术和先进的管理模式较难接受，这些均阻碍了生态农业在发展过程中将现代农业科技与传统精髓的融合。
中国的生态农业根植于中国的文化传统和长期实践经验，融合了传统精髓与现代的新技术，因也制宜地发展了许多宝贵的模式，集中体现了我国<民、科技人员和领导干部的创造力，为解决中国业和农村发展面临的问题提供了一条符合可持续展的道路。温家宝总理指出：“现代化的农业应是高效的生态农业”。只要坚持以科学发展观为导，大力发展生态农业，中国的农业就能探索出一条具有中国特色的可持续发展的道路。
