我国当前温室生态餐厅的建设发展还存在一些不足，主要表现在以下几个方面
第一，对生态的含义认识不够深刻，对其未来的发展方向也不够明确。目前一些生态餐厅的经营者只是从自身盈利出发，一味的重视生态餐厅的室内温度、植物花草等景观设计以及一些室内装饰风格等，旨在于吸引更多的消费者，反而对食品的重视不足，不注重食品的有机化、生态化。而消费者对于生态餐厅应具有哪些功能、哪些标准等也没有完全的认识，起不到监督和督促作用，使得生态餐厅的发展方向出现偏差。
第二，规范标准不健全。餐饮业要达到一定的生态水平是有规范和标准制约的，起到一定的指导和监督作用，目前生态餐厅的发展在这方面也有差距，主要表现
（1）对于不可降解的餐具、一些生活垃圾的处理无法保证绿色化，易产生白色污染。
（2）温室生态餐厅能源的耗费较大，对新型可再生能源利用不足。
（3）餐桌上提供的食品无法保证是纯天然有机食品。
第三，生态餐厅的设计缺乏文化内涵，目前生态餐厅的设计还处于起步阶段，设计不规范，景观布局风格类似，投入建设、运营过于草率，对于管理、运行没有合理的安排。
第四，植物的种类较单一，缺乏多样性，种植布局比较杂乱，缺乏艺术性。
第五，餐厅功能较单一，经济效益不高。目前生态餐厅仅拥有餐饮功能，功能单一导致接待对象受限制。如果将生态餐厅从餐饮扩充到娱乐甚至发展为休闲旅游业，例如垂钓园、水果采摘园以及家禽饲养体验园等，丰富其功能的多样性，受众人群及盈利都会上升。
第六，废弃物处理不当以及资源的浪费。经济日益发展的今天，能源危机是目前我国乃至全球所面临的共同的问题，如何节能减排给我国各行业提出了挑战。餐厅行业同样需要找到突破口。例如：对残羹废渣、动物粪便以及可回收资源没有得到合理的处理和再利用，对可再生能源利用率较低，没有形成真正的生态循环系统，怎么使温室生态餐厅达到真正的可持续发展的生态循环，可以相对独立于自然的循环系统，使我们目前需要重点解决的一大问题。
