伴随着现代农业的发展，小农户已经广泛而深入地进入或被卷入其中。在这一过程中，越来越多的现代农业要素进入小农户的生产，从各个环节将小农户与现代农业发展紧密联系在一起，但不同类型的小农户与现代农业的关系仍有较大差异。
就小纯农户而言，由于收入、年龄、文化水平等方面的原因，其农业生产在现代农业要素的投入上存有不足，且对先进农业技术和管理模式的接纳往往是滞后于他人，其一般会投入大量劳动时间以弥补这些不足。所以，小纯农户在生产环节与现代农业发展的关系较为脆弱。
当然，种植不同作物(例如经济作物、主粮作物)的小农户也会呈现出不同的需求。比如，种植主粮作物的小农户面对的更多是生产环节的问题；而种植经济作物的小农户除了面对生产环节的问题，还面临流通环节的困境。但大体而言，他们与现代农业之间的关系和需求都呈现出上述图景。然而，在与现代农业接触并分享其发展带来的好处时，小农户更多的是遭遇到前所未有的压力并呈现出诸多弱势。
第一，生产弱势。在接纳一些现代农业要素的同时，小农户的小规模生产却使其无法接纳另一些现代农业要素。小农户生产的小规模，特别是耕地规模小且细碎化，使得农户难以投入大型农业机械等固定资产，也阻碍了一些先进农业技术的推广和使用，还不利于病虫害的防治和控制，并且也使得大型农田水利基础设施的投资和建设变得困难。此外，小农户也因为其生产的规模过小而无法获得金融性的服务。小农户对现代农业要素接纳的有限性，阻碍了小农户与现代农业发展的有机衔接，从而影响其农业生产效率的进一步提高，强化其弱势地位。
第二，市场弱势。小农户的市场弱势主要体现在两个方面，即农资市场和农产品市场。伴随现代农业要素的进入，小农户已经难以依靠本地的资源完成整个生产过程，其生产已经离不开良种、农药、化肥、农机等外部要素的投入。但在农资市场上，分散的小农户显然没有能力与经销商和各类服务主体讨价还价以获得优惠的价格。面对农资和服务价格的不断上涨，不但国家给予的各类惠农补贴被抵消，甚至打工所得的“血汗钱”也不得不投入其中。而在农产品市场上，伴随着农业产业链的延长，单个小农户不得不独自面对大市场，特别是对于种植经济作物的小农户来说，面对极具不稳定性的市场，“增产不增收”是常有的现象。而面对市场中处于垄断地位的中间商和大商业资本，分散的小农户始终处于弱势地位。
第三，政策弱势。现代农业是现代国民经济体系中的一个重要组成部分，因而也成为公共政策作用的对象。通过土地流转促进规模经营、实现农业产业化发展一直是中国发展现代农业的主要政策导向。在这一政策导向下，被视为是落后生产者的小农户一直是属于被改造和被排挤的对象。在规模化、产业化偏好下，地方政府将大量资源投放给龙头企业、合作社和专业大户，以期实现现代农业的发展。而除基本的惠农补贴外，小农户基本上分享不到其他资源，甚至成为地方政府驱逐的对象。
总之，伴随着中国现代农业的发展，小农户已经与其发生了紧密的联系。现代农业的生产资料、技术等各类要素已经融入小农户的生产，并且提高了小农户的生产效率和效益。无疑，现代农业要素的融入使小农户与现代农业的关系呈现出相容性的一面。
