1、科学合理地选择和应用现代生态农业的典型模式。
生态农业体系的区域特色角度出发，建议重点建设“在主体中的小循环，区内中等环流，区域大环流”，科学合理地选择和应用适合本地区某个地区的现代生态农业的典型模式。在总结过去中国各地试点和示范工作经验的基础上，借鉴国内外先进的现代生态农业典型模式，以解决一定区域范围内农业生产、生态循环突出问题为导向，充分利用现有的农业生产条件和产业基础，深入开展畜禽养殖粪便资源化利用、秸秆综合利用、清洁化生产等方面的建设，促进农牧结合、种养循环，实现生态、经济和社会“三个效益”相统一。
从生态农业系统的产业化特征来看，建议根据生态农业经营主体的实际情况，科学合理地选择和应用“按生态农业产业化模式分类”的现代生态农业典型模式。目前，这类模式主要有三种类型：一种是“公司+基地（农户）”生态农业产业化模式。二是“农民合作社+家庭农场（农户）”生态农业产业化模式。三是“生态农业产业化联合体”模式。过现代生态农业产业化经营，不断提高农民组织化程度，在充分发挥农业生产保障功能的同时，进一步提高现代生态农业的综合效益。
2、因地制宜制定现代生态农业扶持政策，规范其补贴标准。
借鉴国外现代生态农业扶持政策，结合我国实际，因地制宜制定现代生态农业扶持政策，规范补贴标准。现代生态农业的可持续发展有赖于强有力的金融支持。目前，我国农业补贴资金来源单一，主要依靠政府财政投入，但是保护农业生态环境是我们每个公民的责任，所以我们应该建立一个专门的基金来吸引各界人士和团体的加入，并不断拓宽融资渠道。在增加支农资金总量的同时，也要注重财政支出结构的优化，合理构建以绿色生态为导向的现代生态农业补贴体系。此外，补贴标准是补贴的依据或准则，要因地制宜制定和规范补贴标准，确保补贴资金的合理高效使用。
现代生态农业补贴标准主要包括以下两个方面：一是农业面源污染治理、农业资源保护、农业生态环境建设等行动的实际支出。二是由于农业生态环境的保护，农业生产活动收入减少。现代生态农业补贴的计算方法有：收益损失法、成本分析法、机会成本法、收益法、综合效益评价法、资产评估法和支付意愿法等。我国现行补贴标准存在“一刀切”的问题，不仅降低了补贴资金的使用效率，也在一定程度上抑制了农业经营主体参与现代生态农业建设的积极性和主动性。3、开展生态农场示范建设，创新现代生态农业产业化经营模式。
通过品牌引领，构建集产品生态系统、企业生态系统、产业生态系统于一体的现代生态农业产业化经营模式。打造以现代生态农业品牌化运作的产品生态圈，建立农产品环境、生产过程、加工、流通、消费的可追溯体系。以现代生态农业产业联盟打造企业生态圈，打造一批以家庭农场、农民专业合作社、农业企业为主体的生态农场，打造全产业链的生态农业企业联盟。打造现代生态农业复合循环的区域产业生态系统。过植物生产、动物转化、微生物带动的现代生态农业循环体系，促进种植业、养殖业、加工业、贸易业、工业、农业一体化，实现区域内复合循环。以家庭农场或企业为单位的主小循环，以示范园区或村为单位的中循环，以乡镇或县为单位的区域大循环。
生态农场示范建设要创新发展现代生态农业产业化经营方式，推进现代生态农业产业化联合体建设。通过股份合作、订单生产、定制分红等多种形式的利益联结，形成联系紧密、分工明确、链条完整、利益共享的现代生态农业产业链发展组织联盟。其中，农业龙头企业集中精力抓“市场”。农民专业合作社集中精力做“服务”。家庭农场（农民）以“生产”为中心。这样既可以降低用工成本，提高经济效益，又可以扩大农业生产规模，拉长产业链条，增加农产品附加值，产生良好的经济效益和社会效益，提高劳动生产率和市场竞争力。
